1. योगिनी एकादशी के दिन प्रातः काल सूर्योदय से पहले उठकर स्नान करने के पश्चात सूर्य देवता को जल अर्पित करें|
2. इसके पश्चात पीले वस्त्र पहन कर भगवान विष्णु जी का पूजन करें|
3. भगवान विष्णु को पीले रंग के फूल, पंचामृत और तुलसी के पत्ते चढ़ाएं|
4. इसके बाद भगवान विष्णु और महालक्ष्मी के मंत्रों का श्रद्धापूर्वक का जाप करे|
"ॐ नमो भगवते वासुदेवाय"
"ॐ लक्ष्मी नमो नम:"
"ॐ लक्ष्मी नारायण नम:"
5. योगिनी एकादशी के दिन किसी गरीब व्यक्ति को जल, अन्न, वस्त्र, जूते और छात्र का दान करें|
6. योगिनी एकादशी के दिन अपने घर में विष्णु सहस्त्रनाम का पाठ अवश्य करें.
7. यदि आप विष्णु सहस्त्र नाम न कर पाएं तो विष्णु चालीसा अवश्य करें|
8. अंत में विष्णु आरती करें व् एकादशी आरती करें|
9. भगवान् के समक्ष हाथ जोड़ पूजा में हुई भूल की क्षमा मांगे व् अपनी पूजा स्वीकार करने की प्रार्थना करें|